روش کشت نشائی چغندرقند با استفاده از سینی کشت، به دلیل محددودیت فضا به خصوص محدودیت طول سلولها(گلدانهای کشت) شرایط مناسب برای رشد طبیعی ریشه چغندرقند فراهم نمی گردد. در این شرایط ریشه نمی تواند به طور طبیعی به رشد طولی خود ادامه دهد، بنابراین به صورت نافرم و با انشعابات زیاد ( رشد خرچنگی ) رشد کرده و چند شاخه میشود. علاوه بر چند شاخه شدن ریشه‌ها، تهیه نشاء چغندرقند با این روش نیاز به تاسیسات و امکانات گلخانه‌ای و بستر کشت گران قیمت دارد.
روش کشت نشائی چغندرقند بدون استفاده از گلدان (کشت نشاء ریشه لخت)، در اغلب نقاط ایران آب عامل محدودکننده برای کشت چغندرقند است، در فصل بهار غلات و چغندرقند همزمان به آب نیاز دارند در حالی‌که منابع آب کفاف آبیاری کامل هردو را نمی‌دهد. لذا چغندرقند پس از آبیاری اولیه رها شده و آبیاری‌های بعدی پس از آبگیری از غلات انجام می‌گیرد که این امر خسارت قابل توجهی به محصول چغندرقند وارد می‌سازد. علاوه بر این به دلیل بارندگی و آبیاری سنگین در اوائل رشد مقدار تلفات کود ازته شدید است. در صورتیکه نیاز گیاه به کود در این مرحله حداقل می‌باشد. در روش نشائی مصرف کود قبل از کشت حذف می‌گردد.
از سوی دیگر گیاه چغندرقند در مرحله اولیه رشد تا ظهور چهار برگ حقیقی در مقابل آفات و بیماریها حساس است و به دو تا سه مرحله سمپاشی نیاز دارد. چناچه این مرحله در خزانه سپری گردد این سمپاشی‌ها حذف می‌گردد. و بالاخره با توجه به اینکه علفهای هرز در مراحل اولیه رشد خسارت عمده ای به زراعت چغندرقند وارد می‌آورند لازم است با مصرف علفکش‌ها قبل از کاشت و بعد از سبز شدن و نیز به صورت مکانیکی با آنها مبارزه نمود. در صورتیکه در این نوع کشت به دلیل بزرگ بودن بوته ها هنگام کشت در مزرعه، خسارت علف هرز شدید نیست.
