همانطور که بیان شد تناوب زراعی یکی از عوامل کنترل نماتد گیاهی می باشد. بسته به جمعیت نماتد در خاک، تناوب های 7-2 ساله توصیه می شود. تعیین نوع گیاهان جهت تناوب با توجه به عرف محل ، موقعیت و غیر میزبان بودن آنها صورت می گیرد. طبق تحقیقات انجام شده در ایران، کاشت گیاهانی مانند پنبه، گندم، جو، ذرت دانه ای، سورگم، پیاز، سیب زمینی، یونجه، شبدر، آفتابگردان، کدوی آجیلی، خیار، گوجه، بادمجان، طالبی، نخود و لوبیا که میزبان نماتد سیست چغندرقند نیستند جمعیت نماتد را کاهش می دهند. مدت زمان تناوب برای مدیریت نماتد چغندر قند بستگی به تراکم جمعیت اولیه نماتد در خاک دارد به طوری که با جمعیت های اولیه  8/33 و 4/8 تخم و لارو در گرم خاک به ترتیب به تناوب های پنج و دو ساله نیاز است. ولی باید به این نکته توجه کرد که بین سیست های Heterodera schachtii که به چغندر قند حمله می کند و Heterodera avenae که به غلات بخصوص گندم حمله می کند شباهت بسیاری وجود دارد. 

از نظر مورفولوژیکی نماتد Heterodera schachtii دارای دو شکل جنسی ، نماتد نر کرمی شکل و ماده لیمویی شکل، نماتد ماده دارای ابعاد 0.6 – 0.8  میلیمتر و قطر سیست بالغ 0.75 میلی متر و دارای رنگ و جنس قهوه ای و کیتینی می باشد و لارو سن دوم حدود 490 میکرون می باشد . در صورتی که نماتد گندم Heterodera avenae دارای دو شکل جنسی ، نماتد ماده لیمویی شکل و شیری رنگ با ابعاد 0.7 – 0.5 میلیمتر ، قطر سیست 0.5 میلیمتر و لارو سن دوم حدود 550 میکرون می باشد.

عمده ترین تفاوتی که می توان بین این دو نماتد مشاهده کرد تفاوت در رنگ نماتد ماده و ابعاد است. نماتد ماده چغندر قند بزرگ تر می باشد.

نماتد سیست چغندر قند Heterodera schachtii                                                                                نماتد گندم Heterodera avenae