مهم ترین اسیدهای آمینه به شرح زیر می باشد :

1. پرولین : تقویت دیواره سلولی و بهبود فرآیند گرده افشانی
2. تریپتوفان :استفاده در فرایند سنتز اکسین در گیاهان
3. لوسین_آلانین_والین : بالابردن کیفیت محصولات
4. لیزین : وزن گیری بهتر محصولات و میوه ها
5. آرژنین : رشد سلول ها، تولید جوانه ها و برگ ها
6. هیستیدین : رشد سریع تر محصولات
7. متیونین : بهتر رسیدن میوه و محصولات
8. گلیسین و اسید گلوتامیک : افزایش جذب آهن و فرایند سنتز کلروفیل .(نقش کلات کنندگی را دارند. و به عناصری مانند آهن، مس، منیزیم، روی متصل شده و از تخریب و اکسید شدن محافظت می کنند

سنتز پروتئین

تمامی عملکرد های گیاه تحت کنترل پروتئین ها یا آنزیم هاست . این پروتئین ها از 20 نوع اسید آمینه سنتز شده است .اسید های آمینه سنتتیک برای گیاه قابل استفاده نیست .اسید های آمینه بلوک های تشکیل دهنده پروتئین ها هستند . استفاده از اسید آمینه در کشاورزی سبب تولید سریع پروتئینها ،افزایش مقاومت و ایمنی گیاه ذخیره شدن انرژی در گیاه و افزایش کمی و کیفی تولید خواهد شد .

نقش دیگر اسیدآمینه (ایجاد مقاومت در برابر تنش ها)

تنش دمای بالا، رطوبت کم، یخ زدگی، حمله آفات و... اثر منفی در متابولیسم گیاه دارد. که سبب کاهش کمی و کیفی محصول می گردد. استفاده از اسیدآمینه قبل،در حین تنش ویا بعد از آن سبب مقابله با تنش و بازیابی گیاه می گردد. برای نمونه اسیدآمینه پرولین و هیدروکسی پرولین سبب افزایش غلظت شیرابه سلولی و مقاومت گیاه در برابر تنش های اسمزی مثل شوری، خشکی و بخصوص سرما زدگی می‌گردد. اسیدآمینه گلوتامات در زمان تنش ها در تنظیم ph نقش دارد.

فتوسنتز و تولید انرژی

تولید گیاه به طور مستقیم به فتوسنتز مرتبط است .کاهش  فتوسنتز به هر دلیل سبب کاهش تولید گیاه میگردد. دو اسید امینه گلایسین و گلوتامیک اسید به طور مستقیم در ساخت کلروفیل نقش اصلی دارند. بنابراین تغذیه مناسب گیاه با اسید امینه سبب سبزتر شدن آن میگردد .

همچنین اسلکت کربنی تمامی اسید آمینه میتواند در صورت لزوم شکسته شده و در تولید انرژی نقش داشته باشد . همچنین اسید های آمینه به راحتی به یکدیگر تبدیل میشوند ولی ساخت آنها از صفر شامل مراحل متعدد و انرژی گیر است . استفاده از محلول تغذیه ای اسیدآمینه به صورت مه پاش سبب رشد سریعتر گیاه نسبت به سایر کودهای آلی و معدنی میگردد .این رشد همراه با افزایش محتوای پروتئینی و افزایش مقاومت گیاه و همچنین بهبود کمی وکیفی محصول خواهد بود .

روزنه 

روزنه های برگ محل ورود و خروج گازهای محیط، کنترل آب و جذب بعضی از مواد غذایی است. کنترل روزنه هم توسط عوامل بیرونی (نور، رطوبت، دما و شوری) و درونی (غلظت اسیدهای آمینه و آبسزیک اسید) انجام می شود.

در شرایطی که تعادل متابولیسمی (سوخت و ساز) به دلایل مختلف اعم از تنش های محیطی (زیستی و غیر زیستی) به هم بخورد،سرعت کاتابولیسم بیشتر از آنابولیسم می شود. به عبارتی سوخت بیشتر از ساختن می شود. در شرایط متابولیسمی کند، گیاه از رشد بازمانده و به تدریج رشد متوقف می شود. توقف رشد سبب خسارت های زیاد می گردد که مهم ترین آن رفتن زود هنگام به سمت گلدهی است. و این یعنی بازدهی کم و بی کیفیت.

عامل کلات کننده

اسیدآمینه گلوتامیک اسید یک عامل اسمزی برای سلول های نگهبان روزنه مطرح است. که سبب بازشدن و باز نگه داشتن روزنه ها شده و به همراه سایر اسیدهای آمینه کمبود ساختارهای آلی (کربن و نیتروژن) را نیز جبران می کند

دو اسید آمینه گلیسین و گلوتامیک اسید سبب کلاته کردن عناصر میکرو می شوند. به عبارت ساده تر این 2 اسید آمینه به عناصر غذایی مثل آهن-مس-منیزیم - روی، متصل شده و آن ها را از تخریب و اکسید شدن حفظ کرده و همچنین سبب جذب و انتقال سریع تر و بهتر این عناصر از غشاء سلول می شوند. در واقع استعمال اسیدآمینه از طریق برگ به جذب بهتر عناصر میکرو می انجامد. در صورتی که اسیدهای آمینه با مکمل غذایی به گیاه داده شود، اثرات هم افزایی سبب جذب بهتر عناصر و رشد سریع تر و مقاومت بیشتر نسبت به تنش های محیطی می گردد

تنظیم فلور میکروبی خاک :

چیزی که از دیدگاه بسیاری از کشاورزان مخفی می ماند کنترل میکروب های خاک (قارچ و باکتری) توسط گیاه است. گیاهان بسیاری از مواد مورد نیاز باکتری ها و قارچ ها را تامین می کنند.

برای نمونه، متیونین یک اسیدآمینه است که پیشتاز عوامل رشد دیواره میکروب های خاکزی است.

تعادل و تنظیم فلور خاک از عوامل در دسترس قرار گرفتن ترکیبات معدنی خاک در اطراف ریشه است.خاک به گیاه در جذب عناصر غذایی و محافظت از عوامل بیماری زا کمک می کنند. استفاده از اسیدسولفوریک و گوگرد پودری سبب از بین رفتن این میکروب ها می شود. ولی استفاده از اسیدآمینه سبب حفظ فلور میکروبی مفید خاک می گردند. اسیدهای آمینه گلوتامیک اسید و آسپارتیک اسید به دلیل اینکه آمین اسیدهای آمینه دیگر به آن ها منتقل شده، در گیاه جابه جا شده و نیتروژن را منتقل می کنند.

پرولین و هیدروکسی پرولین سبب حفظ آب و تقویت دیواره سلولی گیاه می شود، که در شرایط نامساعد محیطی سبب تقویت گیاه می شود

محرک در تولید هورمون های رشد

اسیدهای آمینه پیشتاز بسیاری از ترکیبات مهم از جمله هورمون های گیاهی و مواد رشد هستند. متیونین یک اسید آمینه در چرخه تولید اتیلن و تنظیم آن است. و عامل سنتز دو ترکیب پلی آمینی اسپریمین و اسپریمیدین است. این دو ترکیب پلی آمینی طبیعی و شبه هورمونی سبب مقاومت گیاه به طیف گسترده ای دربرابر تنش های محیطی می گردند.

اسید آمینه تریپتوفان سبب سنتز هورمون اکسین شده که هورمون اصلی رشد و نمو است. تریپتوفان تنها در هیدرولیز آنزیمی از پروتئین باقی می ماند و تجزیه پروتئین ها با اسید یا باز سبب تخریب این اسید آمینه می گردد.

 اسید آمینه آرژنین سبب تولید هورمون های مرتبط به گل و میوه می‌گردد. یکی از این هورمون ها پلی آمین ها هستند، که نقش محافظتی و تقویتی برای گیاه دارند.